Bequem gehende Pferde gab es in Europa bereits im Mittelalter, und besonders der Genette war für seinen Viertakt-Gang bekannt. Die peruanischen Pasos stammen von diesen Genetten ab, außerdem finden sich in den Vorfahren Berberpferde, die Kraft und Ausdauer beisteuerten und spanische Pferden, die Stil, Exterieur und Aktion hinzufügten. 

(Abb. links: Jadsausflug mit drei zeltenden Pferden, Anf. 15. JH)

Die ersten Pferde kamen während der spanischen Eroberung nach Südamerika, beginnend mit der Ankunft von Pizarro im Jahr 1531. Die Stammpferde kamen aus Spanien, Jamaika, Panama und anderen Gebieten Mittelamerikas. Die Importe nahmen nach 1542 zu, als die Spanier das Vizekönigreich Neukastilien schufen, das später zum Vizekönigreich Peru wurde, einem wichtigen Zentrum der spanischen Vizekönige der Neuen Welt im achtzehnten Jahrhundert.
 

Einmal in Peru angekommen, wurden sie hauptsächlich für den Transport und die Zucht eingesetzt. Im Norden Perus bedeutete die enorme Größe der Zucker- und Baumwollplantagen, dass die Aufseher weite Strecken zurücklegen mussten, die oft Tage dauerten, um die Plantage zu durchqueren. Im Süden Perus erforderten die trockenen Wüsten, die die Siedlungen voneinander trennten, robuste, kräftige Pferde. In beiden Fällen waren bequeme Pferde mit guter Ausdauer erforderlich.  Peru entwickelte  keine Viehwirtschaft und brauchte daher nicht auf die Schnelligkeit oder Wendigkeit zu züchten, die für Pferde in der Rinderarbeit charakteristisch sind.
Im Laufe der Zeit hielten die peruanischen Züchter die Blutlinien rein und züchteten selektiv hauptsächlich nach Gangart, Exterieur und Temperament. Sie wollten starke, widerstandsfähige Tiere, die bequem zu reiten und leicht zu kontrollieren waren. Über vier Jahrhunderte hinweg führte ihre Hingabe, nur die besten gangveranlagten Blutlinien zu züchten, zum modernen Paso Peruano.

Ein Rückgang der Verwendung des peruanischen Paso-Pferdes war im südlichen Teil Perus in den frühen 1900er Jahren zu beobachten, nachdem große Autobahnen gebaut worden waren, die den Autoverkehr als Ersatz für die Verwendung des Pferdes ermöglichten. Viele der großen Züchter in der Gegend verschenkten ihre besten Pferde an Bauern, die in den nahe gelegenen Quebradas (Tälern) lebten. In einem dieser Quebradas fand der Züchter Gustavo de la Borda das Pferd, das der wichtigste moderne Vererber der Rasse werden sollte: Sol de Oro (Viejo) (Foto links)

Der peruanische Paso war in den nördlichen Regionen weiterhin notwendig, da er immer noch für den Transport auf den Haciendas benötigt wurde. Dies änderte sich mit den harten Agrarreformen, die die Regierung von Juan Velasco Alvarado in den späten 1960er Jahren einführte und die verheerende Auswirkungen auf den peruanischen Paso innerhalb Perus hatten. Große Zuchtbetriebe wurden aufgelöst und Zuchttiere gingen verloren. Da das Interesse am peruanischen Paso-Pferd zur gleichen Zeit in den Vereinigten Staaten und Mittelamerika wuchs, wurden viele der besten peruanischen Paso-Pferde exportiert, was zu einer Zeit führte, in der das peruanische Paso-Pferd in seinem Heimatland zu verblassen schien.

In den letzten dreißig Jahren hat die Beliebtheit des peruanischen Paso-Pferdes in Peru wieder zugenommen. Die jährliche nationale Schau in Lima ist ein wichtiges Ereignis im peruanischen Kulturleben. Der peruanische Paso wurde zum peruanischen Kulturerbe (Patrimonio Cultural Heritage) erklärt, um die Rasse innerhalb des Landes zu fördern. Inzwischen gibt es Gesetze, die den Export von nationalen Championatspferden einschränken.

Die peruanischen Paso-Pferde sind international für ihr gutes Temperament und ihren Reitkomfort bekannt. Die weltweit etwa 25.000 Pferde werden für Freizeitreiten, Wanderreiten, Reitturniere, Paraden und Distanzritte eingesetzt.